西暦２０９７年。

人類は怪獣との共存時代を迎え、太平洋上のとある島に怪獣たちの楽園『ゴジラアイランド』を築いた。

それと共に地球政府は防衛軍を解体、災害から人間と怪獣を守る保安部隊Ｇガードをこの島に設置した。

ミサト編・その２

●第六話［ファイヤーラドン篇］

しばしの平和が続くゴジラアイランド。
怪獣ドクターのミサトは、この島の怪獣の生体の研究に余念がなかった。
そんなとき、ジュニアが倒れた。
しかも、 ジュニアの背中にキノコが生えていた。
それは、ナオがガイラ山で採取したモノと良く似ていた。
そしてミサトは、 ガイラ山で奇妙なキノコの大群生を発見するのであった。
そこへネオヘドラが現れた。
そのネオヘドラが吐く霧を浴びると、背中にキノコが生えてくるのだ。
さすがのゴジラも苦戦し、ラドンに助けられてようやく危機を回避するのがやっとであった。
ランデスは、勝利を確信し、『ゴジラアイランドキノコ化作戦』を推し進めて行くのであった。
ゴジラには、ネオヘドラを倒す手段がなかった。
ゴジラの熱線の温度が、ネオヘドラを倒せる温度までに満たないのだ。
そんな中、怪獣たちが次々と倒れだし、Ｇガード基地までもネオヘドラの胞子に汚染されるのであった。
　　　　
（'98年７月13日〜７月24日全10回放映）

●第七話［ルーカス篇］

ルーカスは、老朽化がたたり、めっぽう調子が悪かった。
ランデスは、キャメロンを地球政府からの届け物として、 Ｇガード基地に送った。
司令官は、調子の悪いルーカスよりも、性能の良いキャメロンがお気に入りだった。
たまりかねたルーカスは、ミサトに改造を申し出る。
その改造中に、ルーカスが掃除機用コンピューターであることが判明した。
ショックを受けたルーカスは、ひとり海上を彷徨っていると、ヴァバルーダに出会う。
おまけに冷やしたスイカと間違われて回収されてしまう。
ランデスに捕らえられたルーカスは、そこで、キャメロンがスパイであることを知る。
そのころ、ゴジラアイランドでは、対獣レーザー砲が、怪獣たちを攻撃し始めていたのだ。

（'98年７月27日〜８月７日全10回放映）

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● 第八話［Ｇ島の秘密篇］

ある日、バラゴンが、ボールのような物体を口にくわえて、地中より現れた。
なんと、その物体は、奇妙な象形文字を空に投影するのであった。
司令官は、あわててその物体の回収を命じるが、一足早くランデスのヴァバルーダに奪われてしまう。
ランデスは、暗黒大皇帝に内緒でその分析を始め、その一部を解読する。
そして、デストロイヤとメガロを ゴジラアイランドに差し向けるのであった。
しかし、かれらは、迎え撃つゴジラに、あっけなく倒されてしまった。
不審に思ったミサトは、タルトクープで出動し、二匹の怪獣の死を確認する。
その墓標に花をたむけたミサトは、その夜空にオーロラを見ていた。
謎の物体の資料を調査した結果、一万二千年前のタイムカプセルであることがわかった。
その時、突然怪獣たちが苦しみだした。
ミサトは、原因究明にタルトクープで出発するが、見えない壁に激突してしまう。
その見えない壁は、ゴジラアイランドを覆い尽くす巨大なバリヤーだったのだ。
しかも、しだいにゴジラアイランドの空気が抜かれて行くのであった。
これこそ、ランデスがしくんだ、「ゴジラアイランド真空パック作戦」であった。
司令官は、モゲラとメカゴジラで、バリヤーの破壊を試みるが、失敗に終わる。
ミサトは、事態の打開をすべく、象形文字の解読に取りかかった。
はたして、「ゴジラアイランドの秘密」とは。

（'98年８月10日〜８月28日全15回放映）

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● 第九話［完結篇］

ちょうどそのころ、宇宙空間で、怪獣自動販売機からハイパーメカギドラを購入するものがあった。
一方、 『仰天号』に搭乗していたミサトは、ザグレス襲来を告げる微弱な電波をキャッチしていた。
その時、ヴァバルーダがミサトもろとも仰天号をトラクタービームで捕獲してしまった。
しかし、仰天号を手中に収めたにもかかわらず、ランデスは、暗黒大皇帝より、解任されてしまうのであった。
その時、ハイパーメカギドラに乗って、すっかりリッチになったザグレスが舞い戻ってきた。
ザグレスはランデスに代わり再びゴジラアイランドを攻めてきたのだ。
ハイパーメカギドラの冷凍光線により、さしものゴジラもたちまち氷漬けにされてしまう。
しかし、その時空のかなたからトレマが帰ってきた。
しかも、ザクレス襲来を警告したのだった。
しかし、ハイパーメカギドラの攻撃を受け、墜落してしまうトレマのパンナトルテ。
絶体絶命の危機が迫るなか、トレマの一念がゴジラに呼応して、氷を溶かすという奇跡を呼ぶのであった。
復活したゴジラのパワーにハイパーメカギドラは退散。
トレマは司令官とルーカスに感激の再会をする。
一方、ゴジラアイランドの本当の秘密を知りたいランデスは、ミサトを連れゴジラアイランドへ向かった。
再び、あの洞窟の奥へと進む『仰天号』。
そこでミサトとランデスは、壁面に描かれた暗黒大皇帝を目にする。
そして、その壁面の向こうには、驚愕の「ゴジラアイランドの秘密」が隠されているのだった・・・。
　　　　
（完結） （'98年８月31日〜９月30日全23回放映）

◆第二シーズン【ミサト編】おわり